Да, можно извлечь телефон из док-станции во время прослушивания музыки. Воспроизведение музыки не будет приостановлено, даже если телефон будет извлечен из док-станции. Однако зарядка телефона выполняться не будет.
Для прослушивания музыки без проблем рекомендуется устанавливать телефон Android в док-станцию устройства.